Đối với nuôi vi tảo, giống đưa vào môi trường nuôi sẽ quyết định sự thành công của quá trình sản xuất. Chính vì vậy, các tham số bao gồm điều kiện lưu giữ giống, môi trường nuôi, mật độ tiếp giống, điều kiện chiếu sáng, tốc độ sục khí, kiểm tra mức độ tạp nhiễm sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng giống sản xuất cuối cùng. Dưới đây là một số phương pháp lưu trữ giống vi tảo phổ biến:
- Phương pháp lưu giữ trên đĩa thạch: Lấy giống tảo thuần cấy trên bề mặt thạch. Để trong điều kiện ánh sáng 2 đèn neon. Sau 8 đến 10 ngày thấy các khuẩn lạc tảo bắt đầu xuất hiện thì giảm cường độ ánh sáng và để trong điều kiện nhiệt độ 20 – 22°C. Phương pháp này sử dụng tốt đối với các loài tảo xanh. Thời gian lưu giữ 2 đến 6 tháng tuỳ từng loại tảo.
- Phương pháp lưu giữ giống ở môi trường lỏng nhiệt độ 5 – 6°C trong tối: Dịch tảo thuần được thu ở cuối pha logarit khi sức sống và chất lượng của tảo là tốt nhất. Tảo được nuôi trong ống nghiệm, sau đó đặt vào tủ lạnh nhiệt độ 5 – 6°C. Phương pháp này được sử dụng cho tất cả các loài tảo đơn bào. Thời gian lưu giữ ngắn chỉ được vài ngày (Skeletonema, Isochrysis), 2 đến 3 tháng (các loài tảo xanh), 1 đến 2 tháng đối với các loài tảo Silic. Sau thời gian lưu giữ tảo cấy lại phát triển chậm.
- Phương pháp lưu giữ tảo ở môi trường bán lỏng nhiệt độ 5 – 6°C trong tối: Lấy giống tảo thần đem nuôi trong ống nghiệm đáy thạch. Sau đó đem cất vào tủ lạnh có nhiệt độ 5 – 6°C khi tảo đạt mật độ gần tối đa. Đây là phương pháp tối ưu nhất sử dụng cho Hầu hết tất cả các loài tảo. Thời gian lưu giữ tảo rất dài, từ 6 đến 8 tháng đối với các loài tảo Heterogloea sp, Chllorella sp, Nannochlla oculata, 2 – 4 tháng đối với các loài tảo trong giống tảo Chaetoceros.
- Phương pháp lưu giữ tảo trong môi trường bán lỏng, đặt trong điều kiện phòng thí nghiệm: Giống tảo thuần được nuôi trong các ống nghiệm (10 ml), giảm cường độ ánh sáng khi tảo đạt đến cuối pha Logarit. Định kỳ hàng tuần san nửa thể tích giống gốc sang thể tích mới. Phương pháp này tốn môi trường, thời gian chăm sóc nhiều, tảo dễ bị lẫn tạp. Chủ yếu sử dụng đói với tảo Isochrysis galbana. Nhìn chung giống tảo Chaetoceros chu kỳ phát triển ngắn, tảo lại phát triển nhanh và tàn nhanh vì vậy với phương pháp lưu giữ nào thì thì thời gian lưu giữ cũng ngắn hơn so với các loài tảo xanh. Chất lượng tảo đưa vào lưu giữ càng tốt, thời gian lưu giữ càng lâu. Tuy nhiên thời gian bảo quản càng dài thì đưa ra nuôi cấy tảo càng chậm thích nghi đối với môi trường nuôi.