Sau khi phân lập được tảo sạch, giữ tảo ở điều kiện thích hợp nhằm kéo dài thời gian cấy chuyển đồng thời giữ được tính ưu việt về năng suất và chất lượng mà dòng tảo sẵn có. Cụ thể là phương pháp phân lập và giữ giống tảo Spirulina từ quần thể tảo Spirulina đã bị nhiễm tảo lạ, vi khuẩn và động vật phù du, bao gồm các bước:
- Bước 1: Chuẩn bị môi trường dinh dưỡng chọn lọc bao gồm: môi trường lỏng vô trùng, môi trường thạch trong đĩa petri và môi trường thạch nghiêng; được tiến hành trong buồng cấy vô trùng và chiều dày lớp thạch trong đĩa petri nằm trong khoảng 0,5-0,6cm.
- Bước 2: Nuôi tích lũy trong môi trường chọn lọc ở điều kiện nhiệt độ nằm trong khoảng 32-35°C, cường độ chiếu sáng nằm trong khoảng 5000-8000hix trong thời gian 1 tuần.
- Bước 3: Phân lập tảo theo phương pháp hướng quang: Phân lập tảo trên môi trường thạch để tách tảo thuần, loại trừ tảo lạ, vi khuẩn và động vật phù du, bước này được tiến hành như sau: Lọc giống tảo từ quần thể thu được ở bước 2 bằng vải lọc; bôi dịch lọc thu được thành một vệt đậm có đường kính nằm trong khoảng 0,6-0,8cm ở chính giữa đĩa thạch; đậy nắp và bọc kín bằng giấy sạch vô trùng; cắt 1 lỗ có đường kính nằm trong khoảng l,5-2cm ở phía mặt giấy ở đáy đối diện với vết tảo; giữ các đĩa trong bóng tối trong thời gian 1 ngày đêm ở nhiệt độ nằm trong khoảng 25-28 °C; sau đó, đưa ra dàn đèn có nhiệt độ nằm trong khoảng 28-30°C, cường độ chiếu sáng nằm trong khoảng 5000-8000 lux trong khoảng thời gian 5-7 ngày. Tách và nhân nuôi tảo thuần, bước này được tiến hành như sau: dùng dao đã vô trùng cắt khoanh một vòng quanh đĩa thạch; úp đĩa để thạch rơi vào tờ giấy đã vô trùng; cắt một lớp thạch mỏng phía trên có chứa các tế bào tảo Spirulina sạch và thả vào bình tam giác 100ml chứa môi trường lỏng đã được chuẩn bị ở bước 1; để các bình này trong bóng tối qua đêm ở nhiệt độ nằm trong khoảng 25-30°C; sau đó, đưa các bình này ra dàn đèn có nhiệt độ nằm trong khoảng 25- 28°C, cường độ chiếu sáng nằm trong khoảng 1000-2000 lux; khi tảo mọc xanh, kiểm tra lại độ sạch của tảo bằng kính hiển vi để xác định đúng giống tảo mong muốn.
Bước 4: Giữ giống tảo trên môi trường thạch nghiêng ở nhiệt độ nằm trong khoảng 4-5.5°C, cường độ chiếu sáng thấp nằm trong khoảng 400-600 lux, nghèo dinh dưỡng bicarbonat.