Ngân hàng giống vi tảo có chức năng lưu giữ các giống, loài vi tảo từ nước ngọt đến nước mặn ở các vùng sinh thái khác nhau trong cả nước. Hiện nay, một số đơn vị nghiên cứu như Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản (I, II, III), Viện nghiên cứu hải sản, Viện Công nghệ sinh học (VAST) đều các nhóm nghiên cứu vi tảo nhưng chủ yếu tập trung lưu giữ một số chủng giống vi tảo phục vụ nuôi trồng thủy sản, tuy nhiên đến nay chính thức vẫn chưa có ngân hàng gen vi tảo. Ngân hàng gen vi tảo không chỉ là nơi lưu giữ các chủng giống vi tảo mà còn cung cấp vật liệu ban đầu cho nhân giống, nhân sinh khối và để lai tạo giống mới.
Nhận thức được tầm quan trọng và cấp thiết của việc xây dựng nguồn gen vi tảo, từ năm 2012, Học viện nông nghiệp Việt Nam đã thúc đẩy xây dựng Trung tâm nghiên cứu và phát triển công nghệ sinh học vi tảo/IRDM, trong đó chú trọng đến việc xây dựng các ngân hàng chủng giống vi tảo bao gồm cả vi tảo nước ngọt và nước mặt. Cho đến nay, Học viện là lưu trữ được hơn 100 loài vi tảo khác nhau. Mục tiêu và kế hoạch ban đầu là cung cấp các nguồn gen vi tảo để thu sinh khối làm thực phẩm chức năng cho người và chăn nuôi như Arthrospira và Chlorella. Riêng về tảo xoắn Arthrospira, hiện tại Học viện đang lưu giữ 30 chủng có nguồn gốc bản địa và nhập nội. Tiếp đó các bộ chủng giống tảo silic (diatom) sử dụng cho nuôi trồng thủy sản với hàng chục loài thuộc các chi Chaetoceros, Skeletonema, Thalassiosira, Nitzchia, Phaeodactylum, các loài thuộc nhóm Haptophytes như Isochrysis; nhiều loài tảo lục nước ngọt và nước mặn như Tetraselmis, Dunaliella, Nannochloropsis, Haematococcus, Scenedemus; một số loài thuộc chi Cryptomonas và nhiều chi tảo khác. Ngoài ra, Học viện nông nghiệp đang lưu giữ bộ sưu tập hơn 30 loài vi khuẩn lam nước ngọt.
Với sự đa dạng về nguồn gen chủng giống vi tảo thuộc các ngành Chlorophyta, Rhodophyta, Haptophyta, Stramenopiles, Dinophyta, tập đoàn các vi khuẩn lam, Học viện Nông nghiệp Việt Nam có thể cung cấp nguồn gen cho các đơn vị nghiên cứu, nuôi trồng thuỷ sản. Học viện Nông nghiệp Việt Nam cũng là đơn vị đầu tiên phát triển và đưa giống tảo xoắn Spirulina (Arthrospira) plantensis VNUA03 vào danh mục các loài vi tảo được Bộ nông nghiệp công nhận.